داکتر محمد نعیم فرزند اغاجان که در سن شش سالگی پدرش توسط کمونست‌ها به شهادت رسید، در سال ۱۳۵۳ در قریهٔ بهادرخان درهٔ عربان ولسوالی چک ولایت میدان وردک به دنیا آمده است.
آموزش ابتدایی دینی و کتاب‌های نظم دری را در قریه نزد کاکایش، مرحوم ملا صاحب امیرجان، فرا گرفته است. تعلیمات ابتدایی عصری را در مکتب سپین‌کلی کابل و بقیه تعلیمات را در لیسهٔ عربان ولسوالی چک و مدرسهٔ عالی دینی شهادت فرا گرفته و ضمن فراگیری دروس، حفظ قرآن‌کریم را نیز در زادگاهش تکمیل نمود.
داکتر محمد نعیم به هدف اکمال سلسلهٔ تعلیمی به کشور همسایه، پاکستان، رفت و در آنجا در سال ۱۳۷۴ به سطح لسانس از پوهنځی زبان عربی و تعلیمات اسلامی فارغ شد. مرحلهٔ ماستری را در پوهنتون بین‌المللی اسلامی اسلام‌آباد آغاز نمود و در سال ۲۰۰۴ با درجهٔ اعلی (مدال طلا) فارغ شد و پس از آن مرحلهٔ دکتورا را نیز در همین پوهنتون آغاز کرد و در سال ۲۰۰۵ درس‌ها را به اکمال رسانید و در سال ۲۰۱۰ رساله و مرحلهٔ دکتورا را به پایان رسانید. البته مناقشهٔ رسالهٔ وی انجام نیافته است.
داکتر محمد نعیم از ابتدا در‌کنار تعلیمات عصری، با استفاده از وقت همزمان آموزش‌های دینی را نیز فرا می‌گرفت که به همین ترتیب در سال ۲۰۰۶ دورهٔ کلان حدیث را در مدرسهٔ دارالعلوم حقانیهٔ پشاور انجام داد و دستار فضیلت را بست و در دورهٔ احادیث مبارک نبوی که نزدیک به ۸۵۰ فاضلان در آن بودند، مقام اول را در جمع همه فاضلان کسب نمود.
وی از سال ۲۰۰۸ تا ۲۰۰۹ در پوهنتون بین‌المللی اسلامی اسلام آباد تدریس کرد و از سال ۲۰۰۹ تا ۲۰۱۱ در پوهنځی زبان عربی و تعلیمات اسلامی پیشاور نیز تدریس نمود.
با آغاز تهاجم آمريكا، علاوه بر آموزش، در صفوف امارت اسلامی به فعاليت‌های فكری، جهادی، فرهنگی و سياسی پرداخت و در اين راه سختی‌ها و تکالیف زندان از سوی دشمن را نیز متقبل شد.
داکتر محمد نعیم عضو و سخنگوی دفتر سیاسی ا.ا.ا. در قطر و عضو هیأت مذاکره‌کنندهٔ امارت اسلامی افغانستان بود.
پس از فتح کابل، زمانی که سفارت افغانستان در دوحه از سوی کشور دوست،قطر، به امارت اسلامی سپرده شد، داکتر محمد نعیم اولین سرپرست سفارت ا.ا.ا. در دوحه گماشته شد و به تاریخ ۱۴۰۳/۱۰/۱۷ به حکم امیرالمؤمنین –حفظه الله- به عنوان معین مالی و اداری وزارت امور خارجه تعیین گردید.
