الدكتور محمد نعيم ابن آغاجان من مواليد عام 1974 في قرية “بهادر خان” الواقعة في شعب “عربان”، بمقاطعة “تشاك” التابعة لمحافظة “ميدان وردك”. استشهد والده على يد الشيوعيين عندما كان في السادسة من عمره.
تلقى الدكتور محمد نعيم تعليمه الديني الابتدائي في قريته وبدأ يتعلم كتب الأدب والنظم الفارسي من عمّه الفقيد الملا أميرجان، ثم تعلّم الدراسات الابتدائية في مدرسة “سبين كلي” في العاصمة كابول، وأتم دراسته الثانوية في ثانوية “عربان” ومدرسة الشهادة الدينية الواقعتين في مقاطعة “تشاك”. وأكمل أيضا حفظ القرآن الكريم في مسقط رأسه خلال عكوفه على الدروس.
سافر الدكتور محمد نعيم إلى باكستان لإكمال دراسته وحصل على درجة البكالوريوس من كلية اللغة العربية والدراسات الإسلامية عام 1995 بمدينة بيشاور، ثم بدأ دراسة الماجستير في الجامعة الإسلامية العالمية بإسلام آباد وتخرج فيها بمرتبة الشرف (الميدالية الذهبية) عام 2004. وواصل بمرحلة الدكتوراه في نفس الجامعة وأكمل المرحلة الدراسية للدكتوراه وتقديم أطروحته عام 2010.
الدكتور محمد نعيم منذ البداية كان يتعلم -إلى جانب الدراسات العصرية- العلوم الشرعية أيضا، بحيث أكمل دورة الأحاديث النبوية في دار العلوم الحقانية في بيشاور عام 2006 وحصل بين الخريجين جمعيا على المرتبة الأولى.
قام الدكتور محمد نعيم بالتدريس في الجامعة الإسلامية العالمية بإسلام آباد بين سنوات 2008 إلى 2009، كما تولى التدريس أيضا في كلية اللغة العربية والدراسات الإسلامية في مدينة بيشاور بين عام 2009 إلى 2011.
انخرط الدكتور محمد نعيم، منذ بداية الاحتلال الأمريكي لأفغانستان، إلى جانب نشاطه التعليمي، في النشاطات الفكرية والجهادية والثقافية والسياسية في صفوف الإمارة الإسلامية، وتحمّل في سبيل ذلك صعوبات الأسر ومشاقه من جانب العدو.
عمل الدكتور محمد نعيم متحدثا باسم المكتب السياسي لإمارة أفغانستان الإسلامية في قطر، وكان عضواً في المكتب السياسي وفريق التفاوض لإمارة أفغانستان الإسلامية مع الجانب الأمريكي.
تم تعيين الدكتور محمد نعيم قائما بأعمال سفارة أفغانستان لدى الدوحة لما سُلمت إلى الإمارة الإسلامية من جانب دولة قطر الصديقة، بعد فتح كابول في 15 أغسطس 2021، كما تم تعيينه بمرسوم أمير المؤمنين -حفظه الله تعالى- نائبا لوزارة الخارجية للشؤون المالية والإدارية في 6 يناير 2025.